Ilícitos generalizados e negligência durante as eleições foram reportados por observadores independentes da sociedade civil que participaram da contagem paralela (PVT) do EISA. A observação foi restringida em 13% das mesas de voto, mesmo para observadores devidamente credenciados pela CNE; 4% das mesas de voto não afixaram os editais conforme exige a lei; e mais do que um quarto (1/4) das mesas começou o apuramento parcial de forma inadequada, abrindo espaço para manipulação.
Os dados são baseados nos relatórios de observação de aproximadamente 1300 mesas de voto (acima de 6% das 20 142 mesas de voto em Moçambique). O número de mesas observadas foi restringido porque os órgãos de gestão eleitoral barraram 3000 observadores nacionais que deveriam fazer contagem paralela, o que significa ainda que a observação foi particularmente limitada em Gaza e na Zambézia.
Porque estas 1300 mesas de voto estiveram sendo observadas, os membros de mesa foram mais cautelosos em seguir as normas. Deve assumir-se que os níveis de violação da norma e das regras têm sido mais altos em mesas de voto onde não há observação, o que torna surpreendente os níveis altos de ilícitos registados naquelas mesas de voto onde havia observadores.
Restrições aos observadores durante o dia da votação e no apuramento foram reportadas em 13% das mesas observadas, sendo que casos mais graves foram registados nas províncias de Nampula (Nacaroa, Ilha de Moçambique e Maputo Cidade), Gaza e Matola.
O apuramento inicial dos votos é feito na mesa de voto, e a lei exige que os editais sejam afixados imediatamente fora da mesa de voto (geralmente, uma sala de aulas). Isto não aconteceu em 4% das mesas de voto observadas.
A lei exige que o apuramento comece imediatamente depois do encerramento da votação, mas isto foi abertamente violado. Mais de 16% das mesas de voto começaram a contagem acima de uma hora depois, e outras 12% iniciaram 30 a 60 minutos mais tarde. A razão mais comum, em 12% das mesas observadas, foi que o presidente e outros membros da mesa tiraram tempo para jantar. Muitos boletins de voto foram deixados sem a devida segurança tornando fácil a sua adulteração. Assim, estiveram sob risco 28% das mesas de voto (mais do que um quarto) onde o apuramento não iniciou imediatamente.
Durante o apuramento houve violência em 2% das mesas de voto observadas. Um ataque armado na Escola Primária de Ukhula, Namigonha, na Cidade de Nampula, foi observado pelos observadores. Na Escola Primária de Naherenque, distrito de Nacala porto, Nampula, eleitores atiraram pedras contra a mesa de voto. A Polícia foi acusada de provocar violência em três assembleias de voto. Sete casos de agressões entre apoiantes de diferentes partidos e novos casos de insultos ameaças e intimidação com envolvimento de delegados de candidatura, também foram reportados. Houve um caso de pancadaria entre membros da mesa de voto.